Fysiogene schade wordt veroorzaakt door storingen in de groei van de boom. Deze storingen worden vaak veroorzaakt door genetische defecten en kunnen leiden tot ‘plotselinge’ breuk van takken of stam.
De storingen kunnen van ‘nature’ optreden, zoals bv. plakoksels maar kunnen ook door technieken als enten worden veroorzaakt in welk geval meestal gesproken wordt over uitgestelde onverenigbaarheid.