Wateroverlast kan direct of indirect fataal zijn voor bomen.

Wateroverlast heeft wortelsterfte en wortelrot tot gevolg, Wortels die langere tijd onder water komen te staan functioneren niet meer en sterven af waardoor de boomkluit instabiel -, en gevoelig voor windworp wordt.
Kortere perioden van wateroverlast kunnen de ontwikkeling bevorderen van pathogene bodemorganismen zoals bv. Phytophthora die bij verschillende boomsoorten de z.g. bloedingsziekten veroorzaakt.